Inspekcja wykonuje swoje zadania w szczególności przez:
1) zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt, w tym chorób odzwierzęcych;
2) badania kontrolne zakażeń zwierząt;
3) monitorowanie chorób odzwierzęcych i odzwierzęcych czynników chorobotwórczych oraz związanej z nimi oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe u zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego, w żywności, w paszach;
4) badanie zwierząt rzeźnych, produktów pochodzenia zwierzęcego i żywności,
5) przeprowadzanie:
- weterynaryjnej kontroli granicznej,
- kontroli weterynaryjnej w handlu i wywozie zwierząt oraz produktów w rozumieniu przepisów o kontroli weterynaryjnej w handlu,
- kontroli administracyjnych i kontroli na miejscu przestrzegania wymogów w zakresie określonym w przepisach o płatnościach w ramach systemów wsparcia bezpośredniego,
- kontroli wyrobów do diagnostyki in vitro stosowanych w medycynie weterynaryjnej,
6) sprawowanie nadzoru nad bezpieczeństwem produktów pochodzenia zwierzęcego, w tym przy ich produkcji i wprowadzaniu na rynek, w szczególności:
- nad wymaganiami weterynaryjnymi w sprzedaży bezpośredniej,
- rolniczym handlu detalicznym,
- działalności marginalnej, lokalnej i ograniczonej,
- bezpieczeństwem żywności,
- wprowadzaniem na rynek zwierząt, produktów ubocznych pochodzenia zwierzęcego,
- wytwarzaniem, obrotem i stosowaniem pasz, dodatków stosowanych w żywieniu zwierząt, organizmów genetycznie zmodyfikowanych przeznaczonych do użytku paszowego i pasz genetycznie zmodyfikowanych oraz nad transgranicznym przemieszczaniem organizmów genetycznie zmodyfikowanych przeznaczonych do użytku paszowego,
- zdrowiem zwierząt przeznaczonych do rozrodu oraz jakością zdrowotną materiału biologicznego i jaj wylęgowych drobiu,
- obrotem i ilością stosowanych produktów leczniczych weterynaryjnych, wytwarzaniem i stosowaniem pasz leczniczych,
- przestrzeganiem przepisów o ochronie zwierząt,
- przestrzeganiem zasad identyfikacji i rejestracji zwierząt oraz przemieszczaniem zwierząt,
- przestrzeganiem wymagań weterynaryjnych w gospodarstwach utrzymujących zwierzęta gospodarskie;
- prowadzenie monitorowania substancji niedozwolonych, pozostałości chemicznych, biologicznych, produktów leczniczych i skażeń promieniotwórczych u zwierząt, w wydzielinach i wydalinach zwierząt, w tkankach lub narządach zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego, w żywności, w wodzie przeznaczonej do pojenia zwierząt, w paszach;
7) prowadzenie wymiany informacji w ramach systemów wymiany informacji, o których mowa w przepisach Unii Europejskiej;
8) Inspekcja wykonuje również zadania na podstawie przepisów odrębnych.